Rapport d’audit du skill

alterlab-biopython Rapport d’audit.

Manipulate biological sequences, parse FASTA/GenBank/PDB files, run phylogenetics, and access NCBI/PubMed programmatically via Biopython (Bio.SeqIO, Bio.Entrez, Bio.PDB, Bio.Blast). Use when scripting custom bioinformatics pipelines, batch-processing sequence files, automating BLAST, or fetching records from Entrez — for quick one-off database lookups use gget, for unified multi-service integration use bioservices. Part of the AlterLab Academic Skills suite.

Bloqué · BloquerRevue nécessaireGénéré 12 oct. 2026Audit heuristique des métadonnées
70
Audit
61
Confiance
62
Qualité
69
Sécurité
88
Maintain
92
Installer

Trust Score OpenAgentSkill

61
Revue manuelle

Trust Score OpenAgentSkill

The Trust Score helps an agent decide whether a skill is safe enough to shortlist before installation.

Adoption GitHub

Avertissement

48

66 stars GitHub

Activité stars/forks

Avertissement

48

66 stars et 13 forks; l’activité des issues n’est pas disponible dans les métadonnées actuelles

Maintenance récente

Validé

88

1 mois depuis le dernier push

Clarté de licence

Validé

86

MIT

Complétude README/SKILL.md

Validé

86

Les métadonnées incluent suffisamment de contexte d’usage et de workflow

Risque dépendances/runtime

Échoué

38

command execution surface, credential or environment access

Disponibilité de l’installation

Validé

92

npx skills add AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills --skill alterlab-biopython

Sécurité de la commande d’installation

Validé

92

Chemin d’installation standard de package ou runtime

Surface de permissions

Échoué

18

secrets or environment access, shell or command execution

Preuve du dépôt

Validé

86

https://github.com/AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills/tree/main/skills/bioinformatics/alterlab-biopython

État de revue

Info

66

Données de revue IA disponibles

Résultats prouvés par Agent

Info

54

Pas encore de données de résultats Agent

Vérifications

Revue d’installation et d’adoption

6 Validé · 14 Revue nécessaire

Chemin d’installation

92

Validé

npx skills add AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills --skill alterlab-biopython

Dépôt

88

Validé

https://github.com/AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills/tree/main/skills/bioinformatics/alterlab-biopython

Licence

86

Validé

MIT

Maintenance

88

Validé

1 mois depuis le dernier push

Revue IA

55

Vérifier

The SKILL.md references Biopython 1.87 as the current version, which may become outdated; consider noting that version numbers change and recommend checking the official docs.

Complétude README/SKILL.md

86

Validé

Usable description available

Risque de dépendances

38

Corriger

command execution surface, credential or environment access

Sécurité de la commande d’installation

92

Validé

Chemin d’installation standard de package ou runtime

Surface de permissions

18

Corriger

secrets or environment access, shell or command execution

Activité stars/forks

48

Corriger

66 stars et 13 forks; l’activité des issues n’est pas disponible dans les métadonnées actuelles

Adoption

68

Info

66 stars GitHub

Avertissements

  • Dependency or permission surface needs review
  • Permission surface may require sandboxing
  • The SKILL.md references Biopython 1.87 as the current version, which may become outdated; consider noting that version numbers change and recommend checking the official docs.
  • The skill's allowed-tools include broad Bash(python:*) and Bash(uv:*), which is typical for coding skills but could be misused if the agent is compromised; however, this is a configuration concern, not a flaw in the skill itself.
  • Quality score needs review
  • Permission surface needs review: secrets or environment access, shell or command execution
  • GitHub adoption: 66 GitHub stars
  • Stars/forks activity: 66 stars, 13 forks; issue activity unavailable in current metadata
  • Dependency/runtime risk: command execution surface, credential or environment access
  • Permission surface: secrets or environment access, shell or command execution

Méthode

This report combines public metadata, AI review output, repository freshness, install readiness, OpenAgentSkill events, quality scoring, trust checks, and the agent safety gate. It is not a full source-code security review.

Comparer les options proches

Skills associés à auditer ensuite