스킬 감사 보고서
alterlab-alphafold 감사 보고서.
Predict protein 3D structures with AlphaFold2 via ColabFold — MMseqs2-accelerated MSAs, monomer and AlphaFold2-Multimer complex folding, and confidence-based validation (pLDDT, pTM/ipTM, PAE). Use when folding a protein sequence or complex from FASTA, generating a predicted structure with confidence metrics, ranking models, or checking self-consistency of a design. For co-folding a protein WITH a small-molecule ligand or predicting binding affinity prefer alterlab-boltz; for antibody–antigen or one-FASTA multi-entity complexes prefer alterlab-chai; to LOOK UP an already-computed structure prefer alterlab-alphafold-db; for ESM embeddings or inverse folding prefer alterlab-esm. Part of the AlterLab Academic Skills suite.
OpenAgentSkill 신뢰 점수
OpenAgentSkill 신뢰 점수
Trust Score는 설치 전에 후보 목록에 넣을 만큼 안전한지 Agent가 판단하도록 돕습니다.
GitHub 채택도
경고48
GitHub 스타 66
스타/포크 활동
경고48
스타 66, 포크 13; 현재 메타데이터에서 이슈 활동을 확인할 수 없습니다
최근 유지보수
통과88
마지막 푸시 후 1개월
라이선스 명확성
통과86
MIT
README/SKILL.md 완성도
통과86
메타데이터에 충분한 사용 및 워크플로 맥락이 포함되어 있습니다
의존성/런타임 위험
경고56
command execution surface, network or browser surface
설치 가능 여부
통과92
npx skills add AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills --skill alterlab-alphafold
설치 명령 안전성
통과92
표준 패키지 또는 런타임 설치 경로
권한 범위
경고50
shell or command execution, network or browser access
저장소 근거
통과86
https://github.com/AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills/tree/main/skills/bioinformatics/alterlab-alphafold
검토 상태
정보66
AI 검토 데이터를 사용할 수 있습니다
Agent 검증 결과
정보54
아직 Agent 결과 데이터가 없습니다
검사
설치 및 채택 검토
설치 경로
92
npx skills add AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills --skill alterlab-alphafold
저장소
88
https://github.com/AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills/tree/main/skills/bioinformatics/alterlab-alphafold
라이선스
86
MIT
유지보수
88
마지막 푸시 후 1개월
AI 검토
55
allowed-tools grants unrestricted Bash(python:*) and Bash(uv:*), which permits arbitrary code execution; this is broad even if common for bioinformatics tooling.
README/SKILL.md 완성도
86
Usable description available
의존성 위험
56
command execution surface, network or browser surface
설치 명령 안전성
92
표준 패키지 또는 런타임 설치 경로
권한 범위
50
shell or command execution, network or browser access
스타/포크 활동
48
스타 66, 포크 13; 현재 메타데이터에서 이슈 활동을 확인할 수 없습니다
채택도
68
GitHub 스타 66
경고
- Dependency or permission surface needs review
- Permission surface may require sandboxing
- allowed-tools grants unrestricted Bash(python:*) and Bash(uv:*), which permits arbitrary code execution; this is broad even if common for bioinformatics tooling.
- SKILL.md contains TODO(verify) placeholders for exact ColabFold installation pins and flag names, reducing reproducibility and clarity for agent execution.
- The MSA step sends sequences to a public MMseqs2 API by default; the skill mentions disclosure for sensitive sequences but does not enforce or strongly gate this in the workflow.
- Setup instructions are incomplete: no exact package version, CUDA/JAX pin, or verified command sequence is provided for installing and running ColabFold.
- Quality score needs review
- Permission surface needs review: shell or command execution, network or browser access
- GitHub adoption: 66 GitHub stars
- Stars/forks activity: 66 stars, 13 forks; issue activity unavailable in current metadata
- Dependency/runtime risk: command execution surface, network or browser surface
- Permission surface: shell or command execution, network or browser access
방법
이 보고서는 공개 메타데이터, AI 검토 결과, 저장소 최신성, 설치 준비 상태, OpenAgentSkill 이벤트, 품질 점수, 신뢰 검사와 Agent 안전 게이트를 결합합니다. 전체 소스 코드 보안 감사는 아닙니다.
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