スキル監査レポート
alterlab-alphafold 監査レポート.
Predict protein 3D structures with AlphaFold2 via ColabFold — MMseqs2-accelerated MSAs, monomer and AlphaFold2-Multimer complex folding, and confidence-based validation (pLDDT, pTM/ipTM, PAE). Use when folding a protein sequence or complex from FASTA, generating a predicted structure with confidence metrics, ranking models, or checking self-consistency of a design. For co-folding a protein WITH a small-molecule ligand or predicting binding affinity prefer alterlab-boltz; for antibody–antigen or one-FASTA multi-entity complexes prefer alterlab-chai; to LOOK UP an already-computed structure prefer alterlab-alphafold-db; for ESM embeddings or inverse folding prefer alterlab-esm. Part of the AlterLab Academic Skills suite.
OpenAgentSkill Trust Score
OpenAgentSkill Trust Score
Trust Score は、インストール前に候補に入れる安全性を Agent が判断する助けになります。
GitHub 採用度
警告48
GitHub スター 66
スター／フォーク活動
警告48
スター 66、フォーク 13; 現在のメタデータでは Issue 活動を利用できません
最近のメンテナンス
合格88
最終プッシュから 1 か月
ライセンスの明確さ
合格86
MIT
README/SKILL.md の完全性
合格86
メタデータには十分な利用・ワークフロー文脈があります
依存関係／ランタイムのリスク
警告56
command execution surface, network or browser surface
インストール可否
合格92
npx skills add AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills --skill alterlab-alphafold
インストールコマンドの安全性
合格92
標準パッケージまたはランタイムのインストールパス
権限範囲
警告50
shell or command execution, network or browser access
リポジトリ根拠
合格86
https://github.com/AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills/tree/main/skills/bioinformatics/alterlab-alphafold
レビュー状況
情報66
AI レビューデータを利用できます
Agent 検証結果
情報54
Agent の成果データはまだありません
チェック
インストールと採用のレビュー
インストール経路
92
npx skills add AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills --skill alterlab-alphafold
リポジトリ
88
https://github.com/AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills/tree/main/skills/bioinformatics/alterlab-alphafold
ライセンス
86
MIT
メンテナンス
88
最終プッシュから 1 か月
AI レビュー
55
allowed-tools grants unrestricted Bash(python:*) and Bash(uv:*), which permits arbitrary code execution; this is broad even if common for bioinformatics tooling.
README/SKILL.md の完全性
86
Usable description available
依存関係リスク
56
command execution surface, network or browser surface
インストールコマンドの安全性
92
標準パッケージまたはランタイムのインストールパス
権限範囲
50
shell or command execution, network or browser access
スター／フォーク活動
48
スター 66、フォーク 13; 現在のメタデータでは Issue 活動を利用できません
採用度
68
GitHub スター 66
警告
- Dependency or permission surface needs review
- Permission surface may require sandboxing
- allowed-tools grants unrestricted Bash(python:*) and Bash(uv:*), which permits arbitrary code execution; this is broad even if common for bioinformatics tooling.
- SKILL.md contains TODO(verify) placeholders for exact ColabFold installation pins and flag names, reducing reproducibility and clarity for agent execution.
- The MSA step sends sequences to a public MMseqs2 API by default; the skill mentions disclosure for sensitive sequences but does not enforce or strongly gate this in the workflow.
- Setup instructions are incomplete: no exact package version, CUDA/JAX pin, or verified command sequence is provided for installing and running ColabFold.
- Quality score needs review
- Permission surface needs review: shell or command execution, network or browser access
- GitHub adoption: 66 GitHub stars
- Stars/forks activity: 66 stars, 13 forks; issue activity unavailable in current metadata
- Dependency/runtime risk: command execution surface, network or browser surface
- Permission surface: shell or command execution, network or browser access
方法
このレポートは公開メタデータ、AI レビュー、リポジトリの鮮度、インストール準備、OpenAgentSkill イベント、品質スコア、信頼チェック、Agent セーフティゲートを統合します。完全なソースコード監査ではありません。
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